Proto nepřekvapí, že už ve 20 letech nakreslil svůj první závodní vůz v barvách Renaultu. Své designérské schopnosti dál rozvíjel a zdokonaloval, až si ho všimla naprostá legenda motoristického sportu Juan Manuel Fangio. Ten ho zavedl do kolébky všech superaut, kde se vyrábějí modely Ferrari a Lamborghini – do italské Modeny.

Bylo to u Lamborghini, kde Pagani našel práci nejprve jako mechanik a později jako vedoucí oddělení kompozitních materiálů. Kdysi tam pomáhal při návrhu a výrobě LMA Jeep, Jalpa, Countach Evoluzione a Golf Caddy.

Již v roce 1988 se začal zajímat o uhlíková vlákna a jejich aplikace v automobilovém průmyslu. Byl založen Pagani Composite Research, který přispěl k vytvoření Diabla, Lamborghini P140, L30 a Diablo Anniversary. Všechny tyto zkušenosti s exotickými vozy dodaly Horaciovi sebevědomí, aby si splnil svůj sen postavit si vlastní superauto, projekt C8, jak se původně jmenoval.

Později by vůz dostal jméno Fangio F1, na objednávku Paganiho hrdiny, muže, který 5krát vyhrál šampionát F1. S rostoucí poptávkou po automobilovém designu se Pagani etabloval v roce 1991. Horacio v podstatě vedl svůj vlastní tým a navrhoval, konstruoval, modeloval a lisoval prototypy aut.

Teprve v roce 1992 byl připraven začít pracovat na svém prototypu Fangio F1 a aby mu pomohl dosáhnout jeho snu, založil společnost Pagani Automobili. Uplynul rok a auto již přešlo z rýsovacího prkna do reality, když bylo testováno v aerodynamickém tunelu Dallara. Poté Fangio převzal projekt Mercedesu, společnosti, která poskytla vozy, aby mu pomohla dosáhnout jeho vítězství.

V roce 1994 dohoda prošla a Mercedes Benz souhlasil s pohonem Pagani s motory V12. Fangio bohužel zemřel v roce 1995 a tehdy se Horacio rozhodl změnit jméno z respektu. Z vozu se pak stala Zonda C12 po proudu vzduchu, který proudí v Andách v Argentině, kde se narodil Horacio. Pagani Zonda byla odhalena na ženevském autosalonu v roce 1999.

Zonda vychází z designu Mercedes Group C Silver Arrows a proudových stíhaček a je poháněna motorem V12 DOHC vyrobeným divizí Mercedes AMG, který je pro tento model jedinečný. Jedním z unikátních rysů vozu byl kruhový čtyřtrubkový výfuk na zádi. Mezi další modely patří Zonda F, Zonda Roadster F, Zonda R Clubsport.

Pagani oznámil nový model, C9, který bude uveden na trh v roce 2009. Bylo řečeno, že tento nový vůz nebude založen na Zonda, ale bude stále poháněn motory Mercedes AMG. Důvodem je skutečnost, že i když je Pagani nezávislou společností, spolupracuje s Daimler AG, zejména s interním tunerem Mercedesu, AMG.